1962ല്‍ കമ്യൂണിസ്റ്റ് പാര്‍ട്ടിയുടെ പിളര്‍പ്പിന് മുമ്പ് ഇന്ത്യ-ചൈന യുദ്ധകാലത്ത് കമ്യൂണിസ്റ്റ് പ്രവര്‍ത്തകരെ ചൈനീസ് ചാരന്മാരായി വിശേഷിപ്പിച്ച് ജയിലിലടച്ചിരുന്നു. ആ വിധത്തില്‍ വിഎസ് അച്യുതാനന്ദനും ജയില്‍ ശിക്ഷ അനുഭവിക്കേണ്ടി വന്നു. പക്ഷേ, അറസ്റ്റ് ചെയ്ത് ജയലിലടച്ചിട്ടും പാര്‍ട്ടി നയത്തിന് വിരുദ്ധമായി ഇന്ത്യന്‍ പട്ടാളത്തിന് അനുകൂല സമീപനമാണ് വിഎസ് സ്വീകരിച്ചത്.
ജയിലിലെ ഭക്ഷണസാമഗ്രികള്‍ മിച്ചം പിടിച്ച് വിറ്റ് ആ പണം ഇന്ത്യന്‍ യുദ്ധഫണ്ടിലേക്ക് സംഭാവന നല്‍കാനും ഇന്ത്യന്‍ പട്ടാളക്കാര്‍ക്ക് രക്തം ദാനം ചെയ്യണമെന്നുമുള്ള വിഎസിന്റെ ആഹ്വാനം അന്നേറെ വിവാദങ്ങള്‍ക്ക് വഴിയൊരുക്കിയിരുന്നു. ഇതേ തുടര്‍ന്നാണ് കേന്ദ്രകമ്മിറ്റിയില്‍ നിന്ന് ബ്രാഞ്ച് കമ്മിറ്റിയിലേക്ക് തരംതാഴ്ത്തി നടപടിയുണ്ടായത്.
1998ല്‍ പാലക്കാട് നടന്ന സംസ്ഥാന സമ്മേളനത്തിലെ വ്യാപകമായ വെട്ടിനിരത്തല്‍ നടപടി വിഎസിനെതിരേ കേന്ദ്രകമ്മിറ്റിയുടെ താക്കീതിന് വഴിയൊരുക്കി. 2007ല്‍ എഡിബി വായ്പയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പാര്‍ട്ടി നയത്തിനു വിരുദ്ധമായ സമീപനം സ്വീകരിച്ചുവെന്നതിനാല്‍ വീണ്ടും വിഎസിന് താക്കീത് ഏറ്റുവാങ്ങേണ്ടി വന്നു.
2007ല്‍ തന്നെ പിണറായിയും വിഎസും തമ്മിലുള്ള രൂക്ഷമായ വാഗ്വാദത്തെ തുടര്‍ന്ന് വിഎസിനെ പിബിയില്‍ നിന്നു സസ്‌പെന്റ് ചെയ്തു. വിഎസിനൊപ്പം പിണറായി വിജയനും ഈ നടപടിയേറ്റു വാങ്ങി. നാലുമാസത്തിനുശേഷം ഇരുവരെയും പിബിയില്‍ തിരിച്ചെടുത്തു.
പക്ഷേ, തന്റെ നിലപാട് തിരുത്താതെ ലാവ്‌ലിന്‍ പിണറായിക്കെതിരേ തുടര്‍ച്ചയായി പരസ്യപ്രസ്താവനകള്‍ വിഎസ് നടത്തി. തുടര്‍ന്ന് 2009 ജൂലായ് 12ന് വിഎസ് വീണ്ടും പോളിറ്റ് ബ്യൂറോയില്‍ നിന്ന് പുറത്തായി
കേരളത്തില്‍ പാര്‍ട്ടി കോണ്‍ഗ്രസ് നടന്നപ്പോള്‍ വിഎസ് അച്യുതാനന്ദനെ പിബിയില്‍ തിരിച്ചെടുക്കുമെന്ന് കരുതിയിരുന്നെങ്കിലും ആ നീക്കം ഉണ്ടായില്ല. അന്ന് പൊതുസമ്മേളനം വിഎസ് ബഹിഷ്‌കരിച്ചതും ഏറെ ചര്‍ച്ചവിഷയമായിരുന്നു.
ടിപി ചന്ദ്രശേഖരന്‍ കൊലപാതകവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പാര്‍ട്ടി നയത്തിന് വിരുദ്ധമായ സമീപനം കൈകൊണ്ടതും സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയെ ഡാങ്കെയോട് ഉപമിച്ചതും വീണ്ടും വിവാദങ്ങള്‍ക്ക് തിരികൊളുത്തി. തുടര്‍ന്ന് പാര്‍ട്ടി വിരുദ്ധ നിലപാടിന്റെ പേരില്‍ പിബി വിഎസിനെ പരസ്യമായി ശാസിച്ചു.